Ο Carlos Checa ήταν ο νικητής και στο δεύτερο σκέλος του αγώνα στο Misano. Ο Ισπανός αναβάτης της Ducati τέθηκε επικεφαλής στο δεύτερο γύρο του όταν προσπέρασε τον πολύ καλό σήμερα Max Biaggi.

Όμως στον 11ο γύρο έπεσαν οι Marco Melandri και Leon Camier και οι Οργανωτές διέκοψαν τον αγώνα για να καθαριστεί η πίστα από τα λάδια που είχαν χυθεί από την μοτοσυκλέτα του Melandri. Όταν ξαναξεκίνησε ο αγώνας, οι δυο τους δεν μετείχαν καθώς δεν μπόρεσαν να επιστρέψουν στα πιτς με τις μοτοσυκλέτες τους, αν και οι κριτές έκαναν ότι μπορούσαν για να βοηθήσουν τον Melandri να συνεχίσει.

Με την επανεκκίνηση, ο Biaggi βρέθηκε επικεφαλής έχοντας τον Checa πίσω του. Όμως στον όγδοο γύρο ο Ιταλός έκανε λάθος, άνοιξε την τροχιά του και αυτό επέτρεψε στον Ισπανό να τον προσπεράσει και να παραμείνει πρώτος ως τον τέλος.

Στην τρίτη θέση τερμάτισε ο Noriyuki Haga, ο οποίος ανέβηκε για πρώτη φορά στο βάθρο φέτος, και στην τέταρτη ο Ayrton Badovini που έμεινε μόλις για 0.084 δευτερόλεπτα πίσω του! Αναμφισβήτητα, η μονομαχία τους ήταν έντονη ως το τέλος.

Πέμπτος ήταν ο Leon Haslam, ο οποίος είχε μώλωπες από το highside του στο πρώτο σκέλος, και έκτος ο Michel Fabrizio, που επίσης είχε χτυπήσει το χέρι του από πτώση στον πρώτο αγώνα.

Τη δεκάδα συμπλήρωσαν οι Sylvain Guintoli, Ruben Xaus, Joan Lascorz και Chris Vermeulen.

Όπως έγινε γνωστό ο Jonathan Rea, από την πτώση που είχε το πρωί στο ζέσταμα, έσπασε την κερκίδα στο δεξί του χέρι και έχει υποστεί ελαφρύ κάταγμα στην αριστερή κλείδα του. Προς το παρόν δεν είναι γνωστό εάν θα μπορέσει να λάβει μέρος ή όχι στον επόμενο αγώνα, στην Αραγονία.

Παρακάτω είναι τα αποτελέσματα από το δεύτερο σκέλος του αγώνα στο Misano.

1. Carlos Checa (Althea Racing) Ducati 1098R 22'44.117

2. Max Biaggi (Aprilia Alitalia Racing Team) Aprilia RSV4 Factory 22'45.601

3. Noriyuki Haga (PATA Racing Team Aprilia) Aprilia RSV4 Factory 22'51.889

4. Ayrton Badovini (BMW Motorrad Italia SBK Team) BMW S1000 RR 22'51.973

5. Leon Haslam (BMW Motorrad Motorsport) BMW S1000 RR 22'53.831

6. Michel Fabrizio (Team Suzuki Alstare) Suzuki GSX-R1000 22'54.894

7. Sylvain Guintoli (Team Effenbert-Liberty Racing) Ducati 1098R 22'54.992

8. Ruben Xaus (Castrol Honda) Honda CBR1000RR 22'57.600

9. Joan Lascorz (Kawasaki Racing Team) Kawasaki ZX-10R 22'57.693

10. Chris Vermeulen (Kawasaki Racing Team) Kawasaki ZX-10R 23'02.079

11. Lorenzo Lanzi (BMW Motorrad Italia SBK Team) BMW S1000 RR 23'06.885

12. Roberto Rolfo (Team Pedercini) Kawasaki ZX-10R 23'08.65 

13. Eugene Laverty (Yamaha World Superbike Team) Yamaha YZF R1 23'36.012

14. Tom Sykes (Kawasaki Racing Team Superbike) Kawasaki ZX-10R 23'48.251

RT. Maxime Berger (Supersonic Racing Team) Ducati 1098R 13'16.439

RT. Jakub Smrz (Team Effenbert-Liberty Racing) Ducati 1098R 8'14.979

RT. Matteo Baiocco (Barni Racing Team S.N.C.) Ducati 1098R 5'01.447