Με την βραδινή βροχή να κρατάει σημεία υγρασίας στην πίστα του Motegi, αλλά με μια αρκετά καθαρή αγωνιστική γραμμή να έχει εμφανιστεί, οι αναβάτες των MotoGP βγήκαν στην πίστα με βρόχινα ελαστικά, τα οποία οι περισσότεροι άλλαξαν σε σλικ μετά από τον γύρο εξόδου, ετοιμαζόμενοι για έναν πιθανό αγώνα flag to flag αργότερα. 

Μετά το πέρας των 10 λεπτών, ταχύτερος ήταν ο Jack Miller, που βγήκε κατευθείαν με σλικ, με τον Αυστραλό να φτάνει στο 1:46.047. Μισό δευτερόλεπτο πίσω του ήταν οι Marc Marquez και Fabio Quartararo, ξεκινώντας δυναμικά την Κυριακή τους και επλίζοντας ότι θα καταφέρουν να συνεχίσουν έτσι και στο Grand Prix.

O Augusto Fernandez έκανε τον 4ο καλύτερο χρόνο, ακολουθούμενος από τον Raul Fernandez. O νικητής του αγώνα Sprint, Jorge Martin, βρέθηκε σητν 6η θέση, μπροστά από τον αναβάτη που κυνηγά στο Πρωτάθλημα, τον Francesco Bagnaia. Oι δύο αναβάτες φτάνουν στον κυριακάτικο αγώνα με μόλις 8 βαθμούς διαφορά. 

Ο δοκιμαστής αναβάτης της Yamaha, Cal Crutchlow, πήρε την όγδοη θέση, με τους Joan Mir και Pol Espargaro να συμπληρώνουν τη δεκάδα.