O Casey Stoner πραγματοποίησε μια αυτοκρατορική εμφάνιση στην πίστα της Μαλαισίας και πήρε τη νίκη χωρίς να αμφισβητηθεί σε κανένα σημείο του αγώνα. Η βροχή άλλαξε αρκετά τα προγνωστικά του Grand Prix της Sepang και ο Αυστραλός, γνωστός για την ικανότητά του σε τέτοιες συνθήκες, έβαλε το κεφάλι κάτω από τους πρώτους κιόλας γύρους και σύντομα χάθηκε από το οπτικό πεδίου του ανταγωνισμού.

Η εκκίνηση ήταν αρκετά επεισοδιακή, με τον κάτοχο της pole position, Rossi να χάνει αρκετές θέσεις στην πρώτη στροφή και το συνήθη ύποπτο Dani Pedrosa να περνάει για λίγο μπροστά. Εξαιρετική εκκίνηση έκανε και ο Loris Capirossi, ο οποίος όμως δεν κατάφερε να ακολουθήσει για ώρα το ρυθμό των πρωτοπόρων. Ο Αυστραλός δεν άργησε να περάσει τον Pedrosa και κούνησε το μαντήλι, διαλύνοντας τελικά τον ανταγωνισμό. Στο μεταξύ, το δίδυμο της Fiat Yamaha είχε μείνει πολύ πίσω, με τον Rossi να βρίσκεται ακόμα και στη δέκατη θέση. Ήταν όμως φανερό ότι τόσο ο Ιταλός, όσο και ο ομόσταβλός του, Jorge Lorenzo (που ξεκίνησε από την τελευταία θέση με τη 2η μοτοσυκλέτα του, λόγω προβλήματος στο καύσιμο της 1ης που δεν έπερνε μπροστά με τίποτε!), είχαν την ταχύτητα για να περάσουν τους προπορευόμενος αναβάτες. Έτσι, προσπέρασαν διαδοχικά τους Hayden, Capirossi και Elias και ρίχτηκαν στη μάχη για μια θέση στο βάθρο. Τελικά, η πτώση του τρίτου μέχρι τότε, Dovizioso, 7 γύρους πριν το τέλος έδωσε την τελευταία θέση του βάθρου στον Valentino και την τέταρτη θέση στον Lorenzo.

Ο Pedrosa έκανε μοναχικό αγώνα, τερματίζοντας τελικά δεύτερος χωρίς να απειλήσει ή να απειληθεί από κάποιον. Πέμπτος τερμάτισε ο Hayden, πραγματοποιώντας μια πολύ ικανοποιητική εμφάνιση, ενώ εκπληκτική ήταν η επίδοση του Vermeulen, που ξεκίνησε από τη 14η θέση του grid για να τερματίσει έκτος. Ο Αυστραλός είναι γνωστός για την ικανότητά του στη βροχή και το απέδειξε και σήμερα περίτρανα.

Τη δεκάδα συμπλήρωσαν οι Elias, Melandri, Capirossi και Kallio, κατά σειρά. Από τους παραπάνω αναβάτες ο λιγότερο ικανοποιημένος πρέπει να είναι ο Capirossi, ο οποίος είχε ξεκινήσει τον αγώνα πέμπτος, δίνοντας υποσχέσεις για μια καλύτερη επίδοση. Eπίσης, αξίζει να σημειωθεί η καταπληκτική εμφάνιση του Aleix Espargaro, στην 11η θέση, στον τρίτο μόλις αγώνα του στα MotoGP.

Μοναδικό θύμα των άσχημων καιρικών συνθηκών, πλην του Dovizioso, ήταν ο Randy De Puniet, ο οποίος σημείωσε πτώση στο δεύτερο μόλις γύρο.

Οι πανηγυρισμοί ήταν έντονοι τόσο για το νικητή Stoner, όσο και για τον τρίτο, Valentino Rossi, που κατέκτησε τον ένατο Παγκόσμιο Τίτλο του. Τον καταπληκτικό αυτό αγώνα έκλεισε το sketch του Ιταλού με μια κότα και τα 9 αυγά της, που συμβόλιζαν τους 9 Τίτλους του.