Ο αγώνας της Valencia ξεκίνησε με ένα εντελώς αναπάντεχο περιστατικό. Ο κάτοχος της pole position και ταχύτερος όλο το σαββατοκύριακο, Casey Stoner είχε ένα high siding στο γύρο προθέρμανσης που τον οδήγησε σε πτώση και εγκατάλειψη, πριν καν ξεκινήσει ο αγώνας.

Είναι γνωστό ότι ο Αυστραλός έχει το σύστημα ελέγχου της πρόσφυσης ρυθμισμένο ώστε να επεμβαίνει ελάχιστα. Κατά πάσα πιθανότητα, λοιπόν, ο Stoner άνοιξε απότομα το γκάζι με κρύα ελαστικά, με αποτέλεσμα την πτώση, πριν καν ξεκινήσει η δράση.

Η αναπάντεχη αυτή εξέλιξη, άφησε στο πεδίο ανοιχτό στον πεινασμένο για διάκριση Dani Pedrosa. Ο Ισπανός, πήρε την εκκίνηση, ως συνήθως, έβαλε το κεφάλι κάτω και σιγά σιγά άρχισε να απομακρύνεται από τους διώκτες του, κινούμενος σε εκπληκτικό ρυθμό. Ο αναβάτης της Repsol Honda πήρε τελικά τη νίκη μέσα στην πατρίδα του και δεν απειλήθηκε από τον ανταγωνισμό σε κανένα σημείο του αγώνα.

Δεύτερος τερμάτισε ο Valentino Rossi. Ο Πρωταθλητής πέρασε σχετικά νωρίς τον ομόσταβλό του στην ομάδα της Fiat Yamaha, Jorge Lorenzo αλλά δεν κατάφερε να απειλήσει τον Pedrosa. Ο Lorenzo, oλοκλήρωσε το βάθρο στην τρίτη θέση. Ο Ισπανός είχε ένα έντονο κούνημα στην M1, που λίγο έλειψε να τον οδηγήσει σε πτώση. Κατάφερε να κρατήσει τη μοτοσυκλέτα όρθια, όμως σε εκείνο το σημείο προσπεράστηκε από τον Rossi και μετά αποφάσισε να μην πιέσει περισσότερο, ρισκάροντας μια πτώση.

Τέταρτος ήταν ο Colin Edwards, μετά από μοναχικό αγώνα. Το σημαντικό για τον Τεξανό ήταν ότι λόγο της επίδοσης του ομόσταβλού του, Ben Spies, κατόρθωσε να πάρει την πέμπτη θέση στο Πρωτάθλημα και την πρώτη για αναβάτη δορυφορικής ομάδας. Από την πλευρά του ο Βen Spies εντυπωσίασε για μια ακόμη φορά και άφησε σπουδαίες υποσχέσεις για το 2010. Ο Τεξανός πέρασε διαδοχικά τους De Angelis, Kallio, De Puniet και Dovizioso, τερματίζοντας τελικά έβδομος και βοηθώντας έτσι τον Edwards στην κατάκτηση της πέμπτης θέσης. Μετά το τέλος του αγώνα, ο Edwards έτρεξε να ευχαριστήσει και να αγκαλιάσει τον Spies για την πολύτιμη βοήθειά του.

Πέμπτος ήταν ο Nicky Hayden, σε μια ακόμη ικανοποιητική εμφάνιση με τη μοτοσυκλέτα της Marlboro Ducati. Έκτος τερμάτισε ο Toni Elias. Ο Ισπανός έκανε μια εκπληκτική εκκίνηση και βρέθηκε στη δεύτερη θέση στην αρχή του αγώνα. Όμως, δεν μπόρεσε να διατηρηθεί εκεί και προσπεράστηκε αρχικά από το δίδυμο της Fiat Yamaha και μετά από τους Edwards και Hayden. Πάντως, ο Ισπανός που μάλλον θα βρίσκεται στην Moto2 το 2010 έκλεισε, προς το παρόν, την πορεία του στα MotoGP με μια ακόμα ικανοποιητική παρουσία.

Όγδοος ήταν ο Andrea Dovizioso, που έχασε στο τέλος τη μάχη με τον Spies. O Mika Kallio ακολούθησε στην ένατη θέση πραγματοποιώντας αρκετά καλό αγώνα, περνώντας μάλιστα τον Randy De Puniet εντυπωσιακά στα φρένα. Τη δεκάδα έκλεισε ο Alex De Angelis.

Ο Marco Melandri είχε μια έξοδο που συμπλήρωσε έναν ούτως ή άλλως μέτριο για αυτόν αγώνα. Ο Ιταλός, που το 2010 θα βρίσκεται στην ομάδα San Carlo Gresini, τερμάτισε τελικά 17ος.