Οι σημαίες της βροχής άρχισαν να ανεμίζουν στην αρχή των πρώτων κατατακτηρίων, όμως ευτυχώς για τους περισσότερους αναβάτες, η βροχή δεν δυνάμωσε και τελικά υποχώρησε, επιτρέποντας τη χρήση των σλικ ελαστικών. Μετά τα πρώτα περάσματα, ήταν ο Jack Miller και ο Aleix Espargaro, με τον Miller να κατεβάζει ακόμα περισσότερο το χρόνο του στο επόμενο πέρασμα. 

Λίγο αργότερα, ο Johann Zarco ανέβηκε στη δεύτερη θέση, την οποία όμως έχασε αρκετά γρήγορα από τον Raul Fernandez. Φτάνοντας στις δεύτερες εξόδους των αναβατών, ο Franco Morbidelli ανέβασε το ρυθμό του και στα τελευταία τρία λεπτά κατάφερε να πάρει την πρώτη θέση, με 1:43.746. O Miller έχασε και τη δεύτερη θέση από τον Aleix Espargaro, με τον Ισπανό όμως να μην περνάει ούτε αυτός στις δεύτερες κατατακτήριες, καθώς ο Fabio Quartararo κατάφερε στα τελειώματα να τον ξεπεράσει, βάζοντας έτσι μια ιαπωνική μοτοσυκλέτα στις δεύτερες κατατακτήριες. 

Βαριά σύννεφα μαζεύονταν πάνω από την πίστα του Motegi και οι σημαίες της βροχής ανέμιζα, όμως οι αναβάτες βγήκαν με σλικ ελαστικά αμέσως, για να εκμεταλλευτούν αυτό το μικρό χρονικό παράθυρο που είχαν πριν δυναμώσει περαιτέρω η βροχή. Tελικά κάτι τέτοιο δεν συνέβη όμως και - αν και οι συνθήκες δεν ήταν οι καλύτερες - τα σλικ ελαστικά παρέμειναν καθόλη τη διάρκεια των κατατακτηρίων. 

Μετά τα πρώτα περάσματα, ήταν ο  Marc Marquez που βρισκόταν στην προσωρινή Pole Position με 1:45.744, κάτι που βελτίωσε σε 1:44.136  στο επόμενο πέρασμά του, με τους Pedro Acosta και Jorge Martin δίπλα του. 

Λίγο αργότερα, ο Acosta κατέβασε το χρόνο στα 1:43.758 με τους Enea Bastianini και Marco Bezzecchi να σκαρφαλώνουν και αυτοί στην πρώτη σειρά. 

Μπαίνοντας στα τελευταία πέντα λεπτά, ο Francesco Bagnaia (που δεν τα είχε πάει καθόλου καλά στην πρώτη του έξοδο) ανέβηκε στη δεύτερη θέση και μετά από λίγο στην πρώτη με 1:43.264. 

Όμως ο Marc Marquez έκανε ένα νέο απίστευτο ρεκόρ, φτάνοντας στο 1:42.868, 330 χιλιοστά κάτω από το προηγούμενο ρεκόρ του Jorge Martin. Και εκεί που φαινόταν ότι τα πάντα είχαν τελειώσει, ο γύρος του Marquez ακυρώθηκε λόγω υπέρβασης των ορίων της πίστας στην 4η στροφή, κάτι που έφερε τον Pedro Acosta στην παρθενική του Pole Position, ο οποίος εν τω μεταξύ είχε κατεβάσει τον χρόνο του στο 1:43.018, σημειώνοντας τελικά το νέο ρεκόρ.

Δίπλα του θα βρίσκεται ο Francesco Bagnaia, με τον Maverick Viñales να συμπληρώνει την πρώτη σειρά της εκκίνησης. Ο Enea Bastianini θα ηγηθεί της δεύτερης σειράς, με τους Brad Binder και Franco Morbidelli να βρίσκονται δίπλα του. 

Από την τρίτη σειρά θα εκκινήσουν οι Fabio Di Giannantonio, Marco Bezzecchi και Marc Marquez, ενώ πίσω τους βρίσκονται οι Alex Marquez, Jorge Martin (που είχε μια πτώση 2 λεπτά πριν το τέλος στην 9η στροφή και δεν κατάφερε να ολοκληρώσει τους γρήγορους γύρους του) και ο Fabio Quartararo.