Ο καιρός έκανε τη χάρη στους αναβάτες της μεγάλης κατηγορίας, οι οποίοι βγήκαν στo Motegi για τις δεύτερες ελεύθερες δοκιμές τους, με την πίστα να είναι πλέον πλήρως καθαρή και τα σλικ ελαστικά να είναι η επιλογή όλων. 

Όταν τελείωσε το μισάωρο των δοκιμών, στην κορυφή των φύλλων χρόνου βρισκόταν ο Francesco Bagnaia, ο οποίος σταμάτησε το χρονόμετρο στο 1:44.569, 17 χιλιοστά του δευτερολέπτου μπροστά από τον Pedro Acosta, ενώ ο Maverick Viñales συμπλήρωσε την πρώτη τριάδα. 

Ο Fabio Di Giannantonio έκανε τον τέταρτο καλύτερο χρόνο, με τους Brad Binder και Marco Bezzecchi να ακολουθούν. Ο επικεφαλής της βαθμολογίας, Jorge Martin, ήταν έβδομος, ενώ οι Marc Marquez, Enea Bastianini και Franco Morbidelli συμπλήρωσαν την πρώτη δεκάδα.