Ο Marc Marquez ανέτρεψε τη χτεσινή εικόνα και μέσα σε μερικά λεπτά - στη δεύτερή του έξοδο - κατάφερε να κάνει πέντε πολύ γρήγορους γύρους, ανάμεσα στους οποίους και το 1:44.940 που είναι και νέος απόλυτος χρόνος για την πίστα του Motegi.

Ο 21χρονος Ισπανός στάθηκε άτυχος στην αρχή της διαδικασίας, καθώς χρειάστηκε να εγκαταλείψει την πρώτη του μοτοσυκλέτα εκτός πίστας, εξαιτίας μηχανικού προβλήματος. Στη συνέχεια όμως ήταν εντυπωσιακός και μόλις στον 7ο γύρο του ανέβηκε στην πρώτη θέση, την οποία και δεν έχασε μέχρι το τέλος της διαδικασίας.

Πιο πίσω του ακολουθούν δυο Ιταλοί (πάντα στα συνδυασμένα αποτελέσματα). Ο Andrea Dovizioso δεν φόρεσε το έξτρα μαλακό πίσω ελαστικό και δεν βελτίωσε το χτεσινό του χρόνο, έχοντας όμως αρκετά ανταγωνιστικούς χρόνους στο ψηλό 1:45, ενώ ο Valentino Rossi άλλαξε μπροστινό και πίσω ελαστικό περίπου δέκα λεπτά πριν από τέλος κι εξασφάλισε την τρίτη θέση.

Μόλις 72 χιλιοστά πιο πίσω του ένας εντυπωσιακός Pol Espargaro που βρίσκει τις λύσεις που θέλει στην Ιαπωνική πίστα και ήταν η δεύτερη καλύτερη Yamaha, μπροστά και από τον Jorge Lorenzo. Ο τελευταίος μπορεί να ήταν πέμπτος στα συνδυασμένα αποτελέσματα, ωστόσο είχε τον καλύτερο ρυθμό από όλους τους αντιπάλους του, με δέκα γύρους στο 1:45, τους έξι από τους οποίους τους έκανε στην τρίτη του έξοδο.

Εφτά δέκατα έριξε από το χτεσινό του χρόνο ο Andrea Iannone και πήρε θέση στη δεκάδα, μπροστά από τους Bradley Smith, Cal Crutchlow, Dani Pedrosa και Stefan Bradl, που είναι και οι τελευταίοι που πήραν την απευθείας πρόκριση στις ΚΑΤ2.

Αντίθετα, στο πρώτο σκέλος των κατατακτηρίων θα δώσουν τη μάχη για τη μια από τις δυο προνομιούχες θέσεις, οι Alvaro Bautista -11ος στα συνδυασμένα - Aleix Espargaro - που ό,τι κέρδιζε στα τρία πρώτα κομμάτια της πίστας το έχανε στο τέλος με τη μεγάλη ευθεία - και Yonny Hernandez.