Οι ουρανοί άνοιξαν στο Motegi και το δεύτερο 45λεπτο των ελεύθερων δοκιμών της κατηγορίας των MotoGP διεξήχθη σε βρεγμένο οδόστρωμα κάτι που αναμένεται να συμβεί και με την διαδικασία των κατατακτήριων δοκιμών.

Σε αυτές τις συνθήκες τα Yamaha φαίνεται πως έχουν το πάνω χέρι καθώς τρεις YZR-M1 πλασαρίστηκαν στην πρώτη τετράδα της κατάταξης.

Ο Colin Edwards της «δορυφορικής» Monster Tech3 Yamaha σημείωσε τον καλύτερο χρόνο στον προτελευταίο από τους 18 γύρους που πραγματοποίησε συνολικά αφήνοντας στη δεύτερη θέση για μόλις 52 χιλιοστά του δευτερολέπτου τον Valentino Rossi.

Στην τρίτη θέση βρέθηκε ο Casey Stoner που ήταν πάνω από έξι δέκατα του δευτερολέπτου πιο αργός από τον «Texas Tornado», ενώ την πρώτη τετράδα συμπλήρωσε ο Jorge Lorenzo με την τρίτη Yamaha της παρέας δείχνοντας πως σε αυτές τις συνθήκες το εργοστάσιο του Iwata έχει το πάνω χέρι.
Ο «άνθρωπος της βροχής» Chris Vermeuelen έφερε την Suzuki GSV-R της Rizla στην πέμπτη θέση αλλά η διαφορά του από τον Edwards ήταν στα 1,5 δευτερόλεπτα.

Η βροχή φαίνεται πως εμπνέει τον Nicky Hayden ο οποίος έφερε την Ducati του στην έκτη θέση της κατάταξης. Ταχύτερο Honda ήταν αυτό του Ale de Angelis στην έβδομη θέση. Ο αναβάτης της San Carlo Honda Gresini μάλιστα είχε και πτώση χωρίς συνέπειες.

Τη δεκάδα συμπλήρωσαν οι Sete Gibernau (Grupo Francisco Hernando), Randy de Puniet (LCR Honda) και Dani Pedrosa (Repsol Honda).