Η χρονιά του 2009 ξεκίνησε με σοβαρά προβλήματα για τον Marco Melandri. Η Kawasaki απέσυρε την επίσημη συμμετοχή της, αναγκάζοντας τον Ιταλό να συμμετέχει με ελάχιστη εργοστασιακή υποστήριξη, με την ομάδα της Hayate Racing.

Εν τω μεταξύ, ο Melandri πόνταρε ότι φέτος θα αποκαθιστούσε την οδηγική του φήμη, μετά από μια τραγική χρονιά στη σέλα της εργοστασιακής Ducati. Παρότι λοιπόν το ντεμπούτο του στο Qatar ήταν μέτριο και παρά τα δεδομένα προβλήματα λόγω της απόσυρσης της Kawasaki, ο Ιταλός κατόρθωσε να πάρει τρια πολύ καλά αποτελέσματα στο ξεκίνημα της χρονιάς: Έκτος στην Ιαπωνία, πέμπτος στην Jerez και δεύτερη θέση (το μοναδικό φετινό βάθρο για τον Melandri), στο βρεγμένο αγώνα της Γαλλίας. Στους ακόλουθους τέσσερις αγώνες μετά το Le Mans, ο Melandri κατόρθωσε να μπει στη δεκάδα μόλις μια φορά.

Στο Mugello οδήγησε για λίγο τον αγώνα, αλλά στο τέλος αναγκάστηκε να υποχωρήσει μέχρι την 11η θέση. Ο Ιταλός συγκέντρωσε τις δυνάμεις του και απάντησε στους επικριτές του με έβδομη θέση τόσο στο Donington όσο και Sachsenring, ενώ στη Βρετανία πήρε και το καλύτερο αποτέλεσμά του σε χρονομετρημένες δοκιμές, μια έβδομη θέση στη σειρά εκκίνησης.

Ακολούθησε απογοήτευση με συνεχόμενες πτώσεις σε Brno και Indianapolis, σε δύο αγώνες που φαινόταν πως ο Ιταλός μπορούσε να διεκδικήσει ένα ικανοποιητικό αποτέλεσμα. Παρά αυτές τις κακοτυχίες, ο Melandri κατόρθωσε να μπει στην πρώτη δεκάδα σε τρεις ακόμα αγώνες, παρότι αντιμετώπισε εκτεταμένα προβλήματα με τη μοτοσυκλέτα του. Τελικά, ολοκλήρωσε τη σεζόν στη δέκατη θέση, πολύ κοντά όμως σε βαθμολογία με τον έβδομο.

Σίγουρα ήταν μια αξιέπαινη και εντυπωσιακή προσπάθεια από την πλευρά του Ιταλού, ειδικά αν ληφθεί υπόψιν και η περιορισμένη, έως και μηδενική στήριξη από το εργοστάσιο της Kawasaki. Για καλή του τύχη, το 2010 ο Melandri επιστρέφει στη γνώριμη για αυτόν ομάδα της San Carlo Honda Gresini και στοχεύει να επανέλθει στις νίκες και τις επιτυχίες.